Ketika kita meneliti sejarah fosil dan ciri-ciri struktural tetumbuhan yang hidup di darat, gambaran lain yang tidak sesuai dengan ramalan evolusionis muncul. Tiada satu fosil pun membenarkan bahkan satu saja cabang "pohon evolusi" tumbuhan yang Anda lihat pada hampir setiap buku pegangan biologi. Sebagian besar tumbuhan memiliki bekas-bekas yang berlimpah dalam catatan fosil, namun tidak satu pun fosil adalah bentuk peralihan antara satu dan lain spesies. Semua diciptakan khusus dan dari awal sebagai spesies yang sepenuhnya tersendiri, dan tiada kaitan evolusi di antara spesies. Sebagaimana diakui ahli paleontologi evolusi, EC Olson, "Banyak kelompok baru tumbuhan dan hewan muncul tiba-tiba, kelihatannya tanpa moyang yang dekat."
Ahli botani Chester A. Arnold, yang mengkaji fosil tumbuhan di University of Michigan, membuat ulasan berikut ini:
Telah lama diharapkan bahwa tetumbuhan yang punah pada akhirnya akan mengungkapkan sebagian tahap yang dilalui kelompok-kelompok yang kini ada selama perjalanan perkembangannya, tetapi harus diakui secara terbuka bahwa idam-idaman ini telah dipenuhi sampai ke taraf yang amat sedikit, meskipun penelitian paleobotani telah mengalami kemajuan selama lebih dari seratus tahun.
Arnold mengakui bahwa paleobotani (ilmu pengetahuan tentang fosil tumbuh-tumbuhan) tak menghasilkan apa-apa yang mendukung evolusi: "Kami belum bisa melacak sejarah filogenetis satu pun kelompok tumbuhan masa dari awalnya hingga saat ini."
 Fosil paku-pakuan dari Zaman Karbon ini ditemukan di daerah Jerada, Maroko. Yang menarik adalah fosil ini, yang berumur 320 juta tahun, mirip dengan paku-pakuan yang ada sekarang. |
Penemuan-penemuan fosil yang paling jelas membantah pernyataan-pernyataan tentang evolusi tumbuhan adalah fosil-fosil tumbuhan berbunga, atau angiospermae. Tetumbuhan ini dibagi menjadi 43 keluarga (famili), masing-masing muncul tiba-tiba, tanpa jejak "bentuk peralihan" sederhana apa pun sebelumnya dalam catatan fosil. Hal ini disadari pada abad ke-19, dan karena itu, Darwin melukiskan asal usul angiospermae sebagai "teka-teki yang mengerikan." Semua penelitian yang dilakukan sejak masa Darwin sekadar menaikkan tingkat kegelisahan yang ditimbulkan teka-teki ini. Di dalam bukunya The Paleobiology of Angiosperm Origins (Paleobiologi Asal Usul Angiospermae), ahli paleobotani evolusi NF Hughes membuat pengakuan ini:
… Akan tetapi, dengan beberapa pengecualian rincian, kegagalan menemukan penjelasan yang memuaskan masih terjadi, dan banyak ahli botani telah menyimpulkan bahwa masalah ini tak bisa dicari pemecahannya dengan memanfaatkan petunjuk fosil.
Di dalam bukunya The Evolution of Flowering Plants (Evolusi Tetumbuhan Berbunga), Daniel Axelrod mengatakan hal ini tentang asal usul tetumbuhan berbunga:
Kelompok moyang yang memunculkan angiospermae belum ditemukan di dalam catatan fosil, dan tak satu jua angiospermae hidup menunjuk ke kaitan moyang sedemikian."